Trong những năm qua, TT đã phấn đấu tích cực và đã đạt được một số thành tựu đáng ghi nhận. Tuy nhiên, TT cũng còn một số tồn tại và đang đứng trước những khó khăn, thử thách cụ thể như sau:

- Đội ngũ cán bộ tư vấn của TT tuy là những người có kinh nghiệm nhưng lại bận với công việc giảng dạy ở Trường nên thời gian làm việc dành cho TT bị hạn chế. Đối với các hợp đồng đòi hỏi cung cấp hoạt động tư vấn dài hạn TT vẫn chưa chủ động được nhân sự, nên đôi khi chưa đáp ứng được hết các yêu cầu của thực tế.

- Một số cán bộ lãnh đạo của TT làm việc kiêm nhiệm, trong khi khối lượng các công việc của TT lại rất lớn. Hơn nữa, TT đang phải làm việc theo cơ chế thị trường có sự cạnh tranh, cần phải có sự lãnh đạo và điều hành sâu sát và kịp thời, nhưng do quá nhiều công việc nên có lúc các cán bộ lãnh đạo TT không thể đáp ứng hoặc xử lý ngay được, đó cũng là một trong nhũng điểm yếu của TT.

- TT đang phải chịu sự cạnh tranh gay gắt với nhiều tổ chức khác cũng đang có những hoạt động tương tự trong khu vực, đó là một thử thách lớn đối với TT. Nếu không có cơ chế phát triển tốt và định hướng đúng, sẽ có nhiều khó khăn.

- Phần lớn các hoạt động chính vẫn là sản xuất nông, lâm, ngư nghiệp. Các lĩnh vực liên quan đến kinh doanh và dịch vụ còn hạn chế.