Trung tâm là một đơn vị trực thuộc Trường đại học Nông Lâm Huế. Trong cơ cấu tổ chức của Trường, Trung tâm có vị trí ngang hàng với các khoa.

      Mặc dù là một đơn vị của Trường Đại học Nông Lâm, nhưng các cán bộ công tác tại Trung tâm lại được lựa chọn từ hầu hết các trường thành viên của Đại học Huế. Đó là một điều đặc biệt trong công tác tổ chức nhân sự của Trung tâm. Hiện tại Trung tâm có 60 cán bộ, trong đó có 40 cán bộ kiêm nhiệm là những giáo viên chủ yếu được lựa chọn chủ yếu từ Trường Đại học Nông Lâm Huế, một số từ Đại học Kinh tế và Đại học Khoa học và 20 cán bộ chuyên trách, là những sinh viên tốt nghiệp loại khá, giỏi từ các ngành đào tạo khác nhau của Đại học Huế được giữ lại để công tác tại Trung tâm.

      Điều này cho thấy rằng, Trung tâm có đầy đủ cán bộ với các lĩnh vực chuyên môn khác nhau nên rất thuận lợi trong việc thành lập các nhóm công tác liên ngành để đáp ứng các yêu cầu công tác phát triển nông thôn. Hầu hết cán bộ của Trung tâm có trình độ từ Thạc sĩ trở lên, nhiều người đã được đào tạo chuyên ngành về khuyến nông hoặc phát triển nông thôn ở nước ngoài.

Bộ máy tổ chức của Trung tâm Phát triển nông thôn miền Trung được thể hiện qua các sơ đồ dưới đây:

Bộ máy tổ chức của Trung tâm trước năm 2001

Bộ máy tổ chức của Trung tâm hiện nay